申请仲裁自行撤回后，再次申请不予受理的，可以向法院起诉。以下是详细分析：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国仲裁法》第九条：裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。虽然此条款直接提及的是裁决被撤销或不予执行的情况，但同理可推，如果仲裁申请被撤回后再次申请不予受理，当事人也享有向法院起诉的权利。

二. 逻辑分析

1. 仲裁的“一裁终局”原则：仲裁实行一裁终局的制度，意味着一旦仲裁裁决作出，当事人通常不能再就同一纠纷申请仲裁或向法院起诉。但这一原则并不适用于仲裁申请被撤回或裁决被撤销、不予执行的情况。
2. 撤回后的法律后果：当事人自行撤回仲裁申请后，如果再次申请仲裁且仲裁机构不予受理，那么当事人就失去了通过仲裁解决纠纷的途径。
3. 诉讼权利的保障：在仲裁途径走不通的情况下，法律赋予当事人向法院起诉的权利，以确保其合法权益得到救济。

三. 结论

综上所述，申请仲裁自行撤回后，如果再次申请不予受理，当事人可以向法院起诉。这是法律赋予当事人的诉讼权利，也是仲裁制度与诉讼制度相互衔接、相互补充的体现。

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