公司扣毕业证原件的行为违法，其目的并不合法。对此，我分析如下：

一. 公司无权扣押毕业证原件

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物”。毕业证原件属于劳动者的个人重要证件，公司无权扣押。

二. 公司扣毕业证原件的可能非法目的

• 尽管公司扣毕业证原件的具体目的可能因情况而异，但通常这种行为可能试图通过非法手段控制或限制劳动者的自由流动，或者作为某种形式的“担保”以防范劳动者离职等。然而，这些目的都是违法的，因为公司不得通过扣押证件来限制劳动者的权益。

三. 劳动者的应对措施

• 如果公司扣留了毕业证原件，劳动者应立即与公司沟通要求返还，并明确指出公司的行为违反了法律规定。
• 如果公司拒绝返还，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令公司限期改正，并可能面临罚款等法律责任。

综上所述，公司扣毕业证原件的行为是违法的，其目的也不合法。劳动者应坚决维护自己的合法权益，要求公司返还毕业证原件，并在必要时采取法律手段维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。