因请假超过两天单位打电话让签离职书，这一行为可能不合法。具体分析如下：
首先，我们需要明确，员工请假超过两天并不直接构成解除劳动关系的合法理由。劳动关系的解除需要遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，且通常需要有明确的法定事由或双方协商一致。
法定解除事由：根据《劳动合同法》，用人单位可以解除劳动合同的情形包括员工严重违反用人单位的规章制度、严重失职、营私舞弊等，但请假超过两天通常并不属于这些情形之一。
协商一致：即使员工请假超过两天，用人单位也不能单方面要求员工签离职书。双方需要就劳动关系的解除进行协商，并达成一致意见。
程序要求：即使用人单位有合法的解除事由，也需要按照《劳动合同法》规定的程序进行，如提前通知员工、支付经济补偿等。
因此，如果单位仅仅因为员工请假超过两天就要求签离职书，这一行为可能违反了《劳动合同法》的相关规定。员工可以拒绝签署，并有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
建议员工在面临此类情况时，首先与用人单位进行沟通，明确表达自己的立场和权益。如果沟通无果，可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。