自收自支的事业单位员工对工资发放有意见，应当首先找本单位的人事部门或者财务部门进行沟通处理，如果无法解决，可以进一步向当地的人事综合管理部门或者劳动监察部门投诉。具体分析如下：

一. 首先找本单位人事或财务部门沟通

1. 人事部门：根据《事业单位人事管理条例》第五条和第六条，事业单位建立岗位管理制度，并明确岗位类别、等级、职责任务等工作标准。因此，对于工资发放的具体问题，人事部门是首要的责任部门，他们应当能够解释工资构成、发放标准以及相关的考核依据。
2. 财务部门：财务部门负责具体的资金管理和发放，如果员工对工资数额或发放时间有疑问，财务部门也是必须咨询的对象。

• 例如，某员工发现自己的工资与同事相比有明显差距，他可以先向人事部门询问工资构成和考核标准，再向财务部门核实具体的发放数额和时间。

二. 向当地人事综合管理部门或劳动监察部门投诉

1. 人事综合管理部门：根据《事业单位人事管理条例》第七条，事业单位拟订的岗位设置方案需要报人事综合管理部门备案。这意味着人事综合管理部门对事业单位的岗位管理和工资发放有一定的监督职责。
2. 劳动监察部门：劳动监察部门是负责监督劳动法律法规执行情况的政府部门。如果员工认为自己的工资权益受到了侵害，可以向劳动监察部门投诉，寻求法律援助和保护。

• 例如，如果员工经过与本单位人事和财务部门的沟通后，仍然无法解决工资问题，他可以向当地的人事综合管理部门或劳动监察部门提交书面投诉，并提供相关证据材料。

我建议员工在投诉前，尽量收集好与工资发放相关的所有证据材料，如工资条、考核表、银行流水等，以便在投诉过程中能够更好地维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。