针对您提出的“检察院存疑不起诉后纪检怎么处理”的问题，首先我们需要明确，检察院的存疑不起诉决定是基于证据不足或存在合理疑点，无法确信被告人有罪而作出的。这一决定对后续程序，包括纪检部门的处理，都有一定的影响。以下是对此问题的详细解答：

一、检察院存疑不起诉后的直接后果

1. 被不起诉人的处理：

   • 若犯罪嫌疑人在押，应立即释放，并解除所有强制措施。
   • 司法机关应采取措施消除因刑事诉讼给被不起诉人带来的不良社会影响。
   • 被不起诉人可积极寻找新证据，向检察院提交，或考虑向上级检察院申请复议。
   • 如因错误羁押或不当措施导致损失，被不起诉人有权申请国家赔偿。

2. 被害人的处理：

   • 人民检察院应告知被害人申诉权利，被害人不服时可在规定时间内向上一级人民检察院申诉，或直接向人民法院提起自诉。

3. 公安机关的处理：

   • 公安机关可要求复议，若意见不被接受，可向上一级人民检察院提请复核。
   • 若发现新证据，符合起诉条件，应重新移送人民检察院审查起诉。

二、纪检部门的处理

当检察院作出存疑不起诉决定后，纪检部门的处理通常遵循以下原则：

1. 尊重司法决定：

   • 纪检部门应尊重检察院的司法决定，不直接干预司法程序。

2. 关注案件后续：

   • 纪检部门可关注案件的后续进展，特别是是否有新的证据出现或案件是否有其他变化。

3. 内部审查与监督：

   • 若案件涉及纪检部门监督范围内的公职人员，纪检部门可进行内部审查，检查是否存在违纪违法行为。
   • 纪检部门也可对检察院的存疑不起诉决定进行监督，确保司法决定的公正性和合法性。

4. 协调与沟通：

   • 纪检部门可与检察院、公安机关等相关部门进行协调与沟通，了解案件的具体情况，以便更好地履行监督职责。

三、综合建议

1. 保持关注：

   • 无论是被不起诉人、被害人还是纪检部门，都应保持对案件的关注，以便及时了解案件进展和新的证据情况。

2. 依法行事：

   • 所有相关方都应依法行事，尊重司法决定，不干预司法程序，确保法律的公正执行。

3. 加强沟通与合作：

   • 纪检部门应与其他司法机关加强沟通与合作，共同维护法律的权威和公正。

综上所述，检察院存疑不起诉后，纪检部门的处理应尊重司法决定，关注案件后续进展，进行内部审查与监督，并与其他司法机关加强沟通与合作。同时，所有相关方都应依法行事，确保法律的公正执行。