针对您提出的“存疑不起诉的案件以后怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
存疑不起诉，是人民检察院在审查案件后，因证据不足或存在合理疑点，无法确信被告人有罪而作出的不起诉决定。这一决定对案件的后续处理有着深远的影响，涉及被不起诉人、被害人、公安机关以及涉案财物等多个方面。
一、对被不起诉人的处理
立即释放与解除措施：若被不起诉人在押，应立即释放，并解除所有强制措施，如取保候审、监视居住等。同时，依法解除查封、扣押、冻结的财物，以保障其人身自由与财产权益。
消除不良影响：存疑不起诉意味着被不起诉人在法律上被视为无罪。司法机关应采取措施，如发布声明、更正记录等，以消除因刑事诉讼给其带来的不良社会影响。
补充证据与申请复议：若被不起诉人认为自己无辜，可积极寻找新证据，并向检察院提交，请求重新审查。若检察院维持原决定，被不起诉人可考虑向上级检察院申请复议。
申请国家赔偿：如因错误羁押或不当措施导致损失，被不起诉人有权根据国家赔偿法申请赔偿，以维护自身合法权益。
二、对被害人的处理
告知权利与申诉途径：人民检察院应将不起诉决定书送达被害人，并告知其申诉权利。被害人不服时，可在规定时间内向上一级人民检察院申诉，或直接向人民法院提起自诉。
提起自诉：若被害人有充分证据证明被不起诉人侵犯其人身、财产权利，且检察院未予起诉，可向人民法院提起自诉，通过司法程序维护自身权益。
三、对公安机关的处理
接收不起诉决定书与解除强制措施：公安机关应正式接收人民检察院送达的不起诉决定书，并了解不起诉的具体理由。同时，解除对犯罪嫌疑人的刑事强制措施，如取保候审、监视居住等。
补充侦查：若公安机关认为通过进一步侦查有可能获取新证据、完善证据链，可以针对案件中的疑点和证据薄弱环节展开补充侦查工作。补充侦查以二次为限，且每次应在一个月以内完成。
撤销案件：若经过进一步的调查和分析，公安机关确认无法获取新的证据来消除存疑，或者评估认为案件确实不存在犯罪事实，应依法撤销案件。
继续关注和重新立案：公安机关不会因存疑不起诉而完全放弃对案件的关注。若后续发现新的事实或证据，且这些新情况足以表明犯罪嫌疑人存在犯罪行为，公安机关可以依据相关法律规定重新启动侦查程序，并重新立案。
申请复议或复核：若公安机关认为人民检察院的不起诉决定有误，可以要求复议。若复议意见不被接受，还可以向上一级人民检察院提请复核，以确保案件的公正处理。
四、对涉案财物的处理
对于被不起诉人在侦查中被查封、扣押、冻结的财物，应与案件无关者及时返还；若为违法所得，则按相关规定处理，如上缴国库等。
五、综合建议
面对存疑不起诉的案件，当事人应积极寻求专业律师的帮助，以获得法律咨询、指导收集证据及代表沟通等全方位支持。同时，保持警惕与关注案件后续进展，确保无遗漏重要信息或程序要求。最后，调整心态，尽快恢复到正常生活中去，同时保持对法律的敬畏与尊重。
综上所述，存疑不起诉后的处理方式需综合考虑多方面因素，包括被不起诉人、被害人、公安机关及涉案财物的权益保护。当事人应根据自身实际情况和法律规定选择最合适的处理方式，并积极维护自身合法权益。