单位把一个部门独立分出来，并不直接构成违法行为，但关键在于处理过程中是否遵循了相关法律法规，特别是关于劳动者权益的规定。

1. 公司分立与劳动者权益：

   • 当公司决定将一个部门独立出来时，这实际上可能涉及到公司的分立或重组。在这种情况下，原部门中的员工可能会被安排到新成立的公司中工作。
   • 根据相关法律规定，非因员工原因导致签订劳动合同主体变更的，工龄应累计计算。这意味着，即使员工被安排到新公司，他们的原工作年限也不应被清零。
   • 新成立的公司应承继原公司对于劳动者的权利和义务，包括劳动合同、工资待遇、社会保险等。

2. 法律建议：

   • 如果员工发现自己在公司分立或重组过程中被要求签订新的劳动合同，并且原工作年限被清零，那么这可能涉嫌违法。
   • 在这种情况下，员工应保留好相关工作记录及新公司与原公司之间关系的材料等，作为后续维权的证据。
   • 如果新公司辞退员工，员工可以申请劳动仲裁，主张工龄连续计算等权益。

3. 注意事项：

   • 公司分立或重组是一个复杂的法律过程，涉及到公司法、劳动法等多个法律领域。因此，建议公司在进行此类操作时咨询专业律师，以确保合规性。
   • 员工也应密切关注自己的权益变化，如有任何疑问或不满，应及时寻求法律援助。

综上所述，单位把一个部门独立分出来并不直接构成违法行为，但在操作过程中必须严格遵守相关法律法规，特别是关于劳动者权益的规定。如有任何法律问题或疑问，欢迎随时向我咨询。