烟草专卖许可证超过有效期三年后，需要重新申请办理，不能简单办理延续。具体分析如下：

一. 烟草专卖许可证的有效期及延续

• 根据《烟草专卖许可证管理办法（2016年版）》第三十二条，烟草专卖许可证有效期届满需要继续生产经营的，应当在该烟草专卖许可证有效期届满三十日前向原发证机关提出延续申请。
• 由此可见，若烟草专卖许可证已超过有效期三年，则无法再通过延续申请的方式恢复其效力。

二. 超过有效期后的处理方式

• 既然无法办理延续，那么烟草专卖许可证超过有效期三年后，若需继续从事烟草专卖业务，应重新按照相关法规和程序申请办理新的烟草专卖许可证。
• 在此过程中，需确保符合所有申请条件，并准备相应的申请材料，以顺利通过审批。

三. 法律后果

• 若在未重新取得烟草专卖许可证的情况下继续从事烟草专卖业务，将可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得等。
• 因此，建议务必在烟草专卖许可证有效期届满前及时办理延续申请，或在有效期届满后重新申请办理新的许可证，以确保合法经营。

我建议您尽快前往当地烟草专卖行政主管部门咨询并重新申请办理烟草专卖许可证。如有进一步需要，您可以继续咨询我。