遇到违规发放薪酬且员工不退还的情况，公司或发放薪酬的一方可以采取以下步骤来妥善处理：
一、初步措施：收集证据与协商沟通
收集证据：
- 确保收集到完整的工资发放记录，如银行转账明细，清晰显示多发的金额及时间。
- 准备好工资构成明细，以证明该员工不应得此款项。
- 保存所有与员工关于薪酬发放错误的沟通记录，包括电话录音、邮件往来等。
协商沟通：
- 首先尝试以理性、友好的态度与员工直接沟通，说明薪酬发放错误的情况，并提供证据。
- 可以书面形式正式通知员工，明确指出多发薪酬的事实、金额及退还期限，并要求其签字确认。
- 如果直接沟通效果不佳，可以寻求与员工关系较好、有影响力的同事、上级领导或人力资源部门工作人员进行协调。
二、法律途径
向劳动行政部门举报：
- 根据相关法律法规，公司有权向劳动保障行政部门举报员工拒不归还多发薪酬的行为，并请求其介入调查和解决。
发送催款函：
- 若协商未果，可以考虑委托律师发送正式的催款函，明确告知员工应退还的金额、期限及不退还将面临的法律后果。
申请支付令：
- 如果员工承认薪酬发放错误但拒绝退还，公司可以向人民法院申请支付令，要求其在规定期限内偿还不当得利。
提起民事诉讼：
- 若员工否认薪酬发放错误或对退还金额有争议，公司可以依据《民法典》中关于不当得利的规定，向人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据来证明薪酬发放错误的事实。
申请劳动争议调解仲裁：
- 如果双方之间的争议涉及劳动关系，还可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。调解或仲裁结果具有法律效力，双方应当履行。
三、预防措施
- 加强薪酬发放审核：建立完善的薪酬发放制度和流程，确保薪酬的准确计算和及时发放。
- 定期培训与核查：定期对财务和人力资源部门进行薪酬管理培训，并对薪酬发放情况进行定期核查。
- 技术防范：利用先进的财务管理软件或系统来提高薪酬发放的自动化和准确性。
四、员工不退还的后果
- 民事责任：员工构成不当得利，公司有权通过民事诉讼要求其返还多发的薪酬。
- 信用受损：这种行为可能影响员工在公司及行业内的诚信形象。
- 法律责任：如果员工明知薪酬发错仍恶意侵占且数额较大拒不退还，可能涉嫌侵占罪，公司将依法追究其刑事责任。
综上所述，处理违规发放薪酬且员工不退还的问题需要综合运用协商沟通、法律途径和预防措施等多种手段。公司应结合自身实际情况选择最合适的解决方案，并在日常管理中加强预防措施以避免类似情况的再次发生。