当您面临个人申报工伤而公司不配合的情况时，不要过于担心，您可以按照以下步骤来妥善处理：

一、自行收集证据

首先，您需要主动收集与工伤有关的各类证据。这些证据包括但不限于：

• 事故报告：详细记录事故发生的时间、地点、经过和结果。
• 医疗诊断证明：由医院出具的，证明您因工作受伤的诊断书。
• 工友证言：目击事故发生的同事的证词，可以作为辅助证据。
• 现场照片或视频：如果可能，拍摄事故现场的照片或视频，以直观展示事故情况。

二、向社保行政部门提出申请

收集完证据后，您需要向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。在申请过程中，您需要：

• 填写工伤认定申请表：按照要求填写个人信息、事故经过和申请理由等。
• 提交证据材料：将收集到的所有证据材料一并提交给社保行政部门。

三、等待社保部门处理

社保行政部门在收到您的申请后，会按照规定的时间进行审核。在审核过程中，他们可能会：

• 要求您补充材料：如果发现材料不全，他们会通知您补充所需材料。
• 调查核实：社保部门有权对事故进行调查核实，包括要求用人单位提供相关证据材料。

如果用人单位不配合调查或拒不提供证据，社保部门将依据您提供的证据或调查核实的情况作出工伤认定决定。

四、应对公司不配合的情况

如果公司故意阻挠工伤认定或拒不配合，您可以采取以下措施：

• 向劳动监察部门投诉：您可以向当地劳动监察部门投诉公司的行为，让他们督促公司配合。
• 保留沟通证据：与公司沟通时，务必保留好相关证据，如邮件、聊天记录等，以备后续使用。
• 法律途径维权：如果公司的不配合行为导致您无法及时享受工伤保险待遇，您可以依法申请行政复议或提起诉讼，维护自己的合法权益。

五、关注后续问题

完成工伤认定后，您还需要关注后续的一些问题，如：

• 工伤赔偿：如果公司不履行赔付义务，您可以通过法律途径追讨。
• 劳动能力鉴定：如果需要进行劳动能力鉴定，而公司依旧不配合，您可以向相关部门咨询并寻求帮助。

总之，面对公司不配合个人申报工伤的情况，您需要保持冷静，积极收集证据，并按照规定的程序向社保行政部门提出申请。同时，您也要了解自己的合法权益，并勇于通过法律途径维护自己的权益。