对施工单位采用虚假证明文件办理工程竣工验收备案的，工程竣工验收无效，备案机关将责令停止使用，重新组织竣工验收，并处20万元以上50万元以下罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。具体处理流程如下：

1. 立案：对符合立案条件的，备案机关将在发现违法行为之日起7日内立案，并按要求填写《行政案件立案审批表》，履行审批手续。一旦立案，行政执法人员不得随意停止办案或自行销案。

2. 调查：执法人员将进行现场检查、询问和拍照，调查时执法人员不得少于两人，且应出示执法证件。同时，会听取当事人辩解陈述，并填写《现场检查笔录》、《现场询问笔录》和《现场物证照片》，履行相关手续。

3. 审查：行政执法人员经过调查取证，认为案件事实已经调查清楚，可作相应的处罚决定的，将根据认定的事实和获取的证据，填写《行政案件处理审批表》，履行审批手续，并下达《行政处罚事先告知通知书》。若当事人要求听证，将下达《行政处罚听证通知书》，并按时举行听证，做好听证笔录。

4. 告知：作出行政处罚决定前，将制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。若符合听证规定，还将制作《行政处罚听证告知书》。

5. 决定：制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。当事人对行政处罚不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

6. 送达：行政处罚文书将按照法定方式送达当事人。送达《行政处罚决定书》时，将填写《送达回执》。

7. 执行：若当事人逾期不履行行政处罚决定，将由执法科室申请人民法院强制执行。当事人履行行政处罚决定后，执法人员将填写《行政案件结案报告》，并履行相关手续。

• 例如，某施工单位在工程竣工验收备案时提供了虚假证明文件，备案机关在发现后，将按照上述流程进行处理，包括立案、调查、审查、告知、决定、送达和执行等步骤，最终确保违法行为得到应有的处罚。

我建议施工单位应严格遵守相关法律法规，确保工程备案材料的真实性、合法性和完整性，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。