针对施工单位违法施工安全的问题，这是一个涉及多个法律层面和实际操作环节的重要议题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：
一、立即停止施工并保护现场
一旦发现施工单位存在违法施工行为，并可能引发安全事故，首要任务是立即停止施工，并妥善保护事故现场。这是为了防止事故进一步扩大，减少人员伤亡和财产损失，同时也为后续的事故调查和责任认定提供重要依据。施工单位应启动生产安全事故应急救援预案，采取有效措施组织抢救，并确保现场证据不被破坏或毁灭。
二、及时报告事故
事故发生后，施工单位应迅速向内部上级报告，并由单位负责人在规定时间内（通常为1小时内）向县级以上人民政府安全生产监督管理部门报告。如果事故伤亡人数在后续时间内发生变化，也应及时补报。这一步骤对于政府及时掌握事故情况、启动应急响应机制至关重要。
三、配合事故调查
根据事故等级，相应政府部门会组织事故调查组进行调查。施工单位应积极配合调查组的工作，提供全面、准确的事故发生经过、原因、伤亡情况及经济损失等信息。调查组将重点调查施工单位的资质、施工手续以及安全管理规定的遵守情况，以认定事故性质和责任。
四、承担法律责任
刑事责任：如果违法施工行为导致重大伤亡事故或其他严重后果，施工单位及相关责任人员可能面临刑事责任追究。根据具体情节，可能构成重大责任事故罪或重大劳动安全事故罪，依法受到相应刑罚。
行政责任：施工单位还可能面临行政处罚，如责令停止施工、没收违法所得、罚款等。情节严重的，还可能被责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书。同时，对负有责任的管理人员和其他直接责任人员，也可能受到罚款、暂停执业、吊销执业资格证书等处罚。
民事责任：如果事故造成人员伤亡和财产损失，施工单位应依法承担民事赔偿责任。这包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金以及财产损失等。如果存在多个责任主体，如非法转包、分包等情况，相关转包人、分包人可能承担连带赔偿责任。
五、落实整改与防范措施
事故发生后，施工单位应认真吸取教训，落实防范和整改措施，防止类似事故再次发生。这包括加强安全管理、完善安全设施、提高员工安全意识等。同时，政府有关部门也应加强建筑施工行业监管，严格施工许可制度，打击非法施工行为，从源头上预防安全事故的发生。
综上所述，施工单位违法施工安全问题的处理需要综合考虑多个方面，包括立即停止施工、及时报告事故、配合事故调查、承担法律责任以及落实整改与防范措施等。施工单位和个人应严格遵守法律法规，确保施工安全，共同维护社会和谐稳定。