核心结论：超期违法合同备案的处理需根据备案主体、备案性质及具体违法情形，通过补正、撤销、行政处罚或司法救济等途径解决。以下分情况说明：

1. 若备案主体为企业，且备案超期因程序瑕疵但内容合法

• 处理方式：向备案机关（如市场监管、住建等部门）提交书面补正申请，说明超期原因（如内部审批延误、系统故障等），附上完整合同文本及合法性证明（如审批文件、公证材料）。
• 法律依据：根据《行政许可法》第32条，行政机关对申请材料不齐全的，应一次性告知补正内容；补正后符合要求的，应予以受理。若备案属非行政许可类（如企业自主备案），可依据部门规章或地方性法规的补正程序操作。
• 风险提示：若未及时补正，可能面临备案机关不予受理或按未备案处理，导致合同效力争议（如未备案的房屋买卖合同可能影响过户）。

2. 若备案内容违法（如合同条款违反法律强制性规定）

• 处理方式：
  • 主动撤销：向备案机关提交撤销申请，说明违法情形（如合同约定高利贷、排除对方主要权利等），附上法律意见书或法院生效判决（如有）。
  • 被动查处：若备案机关发现违法，可能依据《行政处罚法》第28条责令改正，或根据具体领域法规（如《合同法》第52条）宣告合同无效。
• 法律后果：合同可能被认定无效，双方需返还财产、赔偿损失；若涉及刑事犯罪（如合同诈骗），还可能追究刑事责任。

3. 若备案机关超期未处理（行政不作为）

• 处理方式：
  • 行政复议：向备案机关的上级部门或同级政府申请复议，要求其履行法定职责（如《行政复议法》第6条）。
  • 行政诉讼：直接向法院起诉备案机关不作为，请求判决其限期处理（如《行政诉讼法》第12条）。
• 证据要求：需提供向备案机关提交申请的凭证（如签收单、邮寄记录）及超期未处理的证明（如查询记录、催告函）。

4. 若备案涉及第三方权益（如已备案的租赁合同影响承租人优先购买权）

• 处理方式：
  • 协商解决：与第三方协商变更或解除备案（如重新签订合同并备案）。
  • 司法救济：若协商不成，第三方可依据《民法典》第726条（承租人优先购买权）向法院起诉，要求确认备案合同部分无效或赔偿损失。
• 预防措施：备案前应审查合同是否侵犯第三方权益，避免后续纠纷。

建议行动步骤：

1. 立即梳理备案超期的具体原因（程序性或实质性违法）；
   
2. 根据违法情形选择补正、撤销或司法救济；
   
3. 保留所有申请、沟通记录作为证据；
   
4. 若涉及复杂法律问题（如合同效力认定、行政处罚争议），可进一步向我咨询具体操作方案。
   

（我是专业律师，擅长合同纠纷、行政法律事务，如有疑问可直接向我提问。）