行政机关发现职务犯罪，应当将有关材料移送公安、检察机关处理。以下是具体的分析：
一. 行政机关处理职务犯罪的职责
移送处理：行政机关在履行其职责过程中，若发现职务犯罪的情况，根据相关法律法规，其并不具备直接处理此类犯罪的权力。因此，行政机关应当将发现的职务犯罪相关材料移送至有处理权限的公安、检察机关。
法律依据：这一处理方式是基于行政诉讼法的相关规定，即人民法院在审理行政案件中，若认为行政机关的主管人员、直接责任人员有犯罪行为的，应当将有关材料移送公安、检察机关。虽然此规定是针对人民法院在审理行政案件中的情况，但同样适用于行政机关在日常工作中发现职务犯罪的处理方式。
二. 移送处理的具体流程
收集证据：行政机关在发现职务犯罪后，应首先收集相关证据材料，确保移送的材料真实、完整。
移送材料：将收集到的证据材料移送至公安、检察机关，由这些专门机关进行进一步的调查和处理。
配合调查：在公安、检察机关对职务犯罪进行调查时，行政机关应积极配合，提供必要的协助和支持。
综上所述，行政机关在发现职务犯罪后，应依法将有关材料移送公安、检察机关处理。这是行政机关履行其职责、维护法律秩序和公平正义的必然要求。