如果交通车跑了（即发生交通肇事逃逸），但双方后续达成了协议，处理起来需要遵循一定的法律程序。以下是我的建议：

1. 确认协议内容：

   • 首先，双方应详细阅读并确认协议内容，确保协议中明确了双方的权利和义务，特别是关于赔偿、责任划分等方面的条款。
   • 如果协议内容存在模糊或不明确的地方，建议及时咨询专业律师进行解读和修改，以避免后续产生纠纷。

2. 履行协议：

   • 双方应按照协议约定的方式和时间履行各自的义务。
   • 如果一方未按协议履行，另一方有权要求对方履行，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 保留证据：

   • 尽管双方已经达成协议，但保留相关证据仍然非常重要。这些证据包括但不限于交通事故现场照片、视频、证人证言、医疗记录、协议文本等。
   • 这些证据在后续可能出现纠纷时，将作为维护自己权益的重要依据。

4. 法律程序：

   • 如果双方协议涉及赔偿金额较大，或者存在其他复杂情况，建议通过法律程序进行确认和履行。
   • 可以考虑向法院申请确认协议效力，或者通过公证机构对协议进行公证，以增强协议的法律效力。

5. 后续跟进：

   • 双方应保持沟通，及时跟进协议履行情况。
   • 如果出现任何问题或纠纷，应及时寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。

总之，虽然双方已经达成协议，但仍然需要谨慎处理，确保协议得到有效履行，并保留好相关证据以备不时之需。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。