外包单位在甲方工厂因抽烟罚款是否合法，需具体分析罚款行为的性质及依据。

一. 罚款行为的性质分析

1. 若罚款为甲方工厂依据内部规章制度进行：

   • 甲方工厂作为用工单位，有权依据其内部规章制度对在其工厂内的员工（包括外包单位员工）进行管理。若规章制度中明确规定了抽烟罚款的条款，并且该规章制度已经过合法程序制定并公示，那么甲方工厂对抽烟行为进行罚款是合法的。
   • 例如，甲方工厂的规章制度中明确规定：“在工厂内抽烟者，罚款XX元。”且该规章制度已经过员工大会讨论通过并公示，那么外包单位员工在甲方工厂抽烟被罚款就是合法的。

2. 若罚款为外包单位进行：

   • 外包单位作为员工的用人单位，也有权依据其内部规章制度对员工进行管理。但外包单位在甲方工厂内对员工进行罚款，需要确保其行为不违反相关法律法规，并且罚款行为需基于合理的规章制度和事实依据。
   • 若外包单位的规章制度中明确规定了抽烟罚款的条款，并且该员工确实违反了该规定，那么外包单位进行罚款是合法的。但外包单位需确保罚款行为不侵犯员工的合法权益，如罚款金额合理、罚款程序公正等。

二. 罚款行为的法律依据

• 《中华人民共和国劳动法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。”这表明用人单位有权制定规章制度来管理员工。
• 但同时，用人单位在制定规章制度时，也需遵守相关法律法规，确保规章制度的合法性和合理性。

三. 结论与建议

• 结论：外包单位在甲方工厂因抽烟罚款是否合法，取决于罚款行为的性质及依据。若罚款行为基于合法的规章制度，并且不违反相关法律法规，那么该罚款行为是合法的。
• 建议：外包单位和甲方工厂在制定和执行罚款制度时，应确保制度的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。同时，员工也应遵守工厂规章制度，避免不必要的罚款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。