关于工厂对外来车司机吸烟进行罚款是否合法的问题，这主要取决于工厂是否有合法有效的规章制度、是否事先告知了司机、罚款是否合理，以及是否遵循了相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：
法律层面分析
工厂无直接行政处罚权：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关来实施。工厂，作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对外来车司机处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。
规章制度与合同约定：
- 合法情形：如果工厂有明确的规章制度，规定在特定区域（如易燃易爆的生产车间、仓库等）禁止吸烟，并且这些规章制度是经过合法程序制定的（如经过民主讨论、公示等），同时外来车司机在进入工厂时被告知了这些规定，那么当司机违反规定吸烟时，工厂可以依据规章制度采取一些合理的处理措施。但这些措施应基于双方约定和管理需要，如要求司机离开工厂、扣除一定的服务费用（如果合同中有约定）等，而非直接罚款。
- 不合法情形：如果工厂没有相关合法有效的规章制度支撑，或者规章制度未经过合法程序制定、内容违法，那么对外来车司机的罚款行为就是不合法的。此外，如果罚款过重、不合理，或者未事先与司机进行约定，也可能构成不合法行为。
工作环境安全与健康：
- 工厂有责任提供安全健康的工作环境，并采取必要措施保护员工以及进入工厂的外来人员免受危害。这包括制定并执行关于吸烟等可能危及工作环境安全的规章制度。但执行这些规定时，必须遵守法律法规，不得侵犯他人的合法权益。
举例说明
- 假设某化工工厂制定了安全生产规章制度，明确规定在生产车间等易燃易爆区域禁止吸烟，并且这些规章制度经过了职工代表大会讨论通过及全体员工（包括外来人员）的公示。如果一位外来车司机违规在车间吸烟，工厂可以依据规章制度要求他离开工厂或者扣除一定的服务费用（如果合同中有相关约定），而不是直接罚款。
- 相反，如果某工厂仅通过口头通知就对在厂区内吸烟的外来车司机进行罚款，且未履行合法程序或与司机进行事先约定，那么这种罚款行为则可能是不合法的。
操作建议
- 对于工厂而言，应确保规章制度的合法性、有效性和透明度。在制定规章制度时，应遵循合法程序，确保内容不违反法律法规。同时，在对外来车司机等进入工厂的人员进行告知时，应采用明确、易懂的方式，确保他们了解并遵守相关规定。
- 对于外来车司机而言，在进入工厂前应了解并遵守工厂的规章制度。如果有任何疑问或认为受到不公正对待，可以向工厂的相关部门反映或寻求专业法律人士的帮助。
综上所述，工厂对外来车司机吸烟进行罚款的合法性需综合考虑多个因素。在具体操作中，工厂应确保各项措施的合法性和合规性，以维护双方的合法权益。