关于“晚点扣工资应该扣加班点还是正常工时”的问题，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的具体约定。以下是对这一问题的详细分析：
公司规章制度与劳动合同约定：
- 首先，公司有权根据自身的经营需要和员工的管理情况，制定相应的规章制度，包括考勤制度、工资支付制度等。这些制度通常会明确规定员工迟到、早退、旷工等情况下的工资扣除标准。
- 其次，劳动合同是员工与公司之间建立劳动关系的重要文件，其中也会明确约定工资的计算方式、支付时间以及扣除事项等。因此，在处理晚点扣工资的问题时，应首先查阅公司的规章制度和劳动合同中的相关约定。
扣加班点还是正常工时：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定，员工晚点将按照加班点进行扣除，那么公司应严格按照这一规定执行。这意味着，员工因晚点而失去的将是加班时间，而非正常工作时间。
- 如果规章制度或劳动合同中没有明确规定晚点扣加班点还是正常工时，或者规定不明确，那么公司应秉持公平、合理的原则进行处理。在这种情况下，公司可以考虑将晚点视为员工迟到的一种情况，按照迟到的相关规定进行工资扣除，而通常迟到的扣除是针对正常工时的。
建议与注意事项：
- 对于员工而言，应严格遵守公司的规章制度和劳动合同中的约定，避免晚点等情况的发生，以免对自己的工资造成不必要的影响。
- 如果对公司的规章制度或劳动合同中的相关约定存在疑问或不满，员工应及时与公司进行沟通，寻求合理的解决方案。
- 如果因晚点扣工资问题与公司发生争议，员工可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
综上所述，晚点扣工资应该扣加班点还是正常工时，主要取决于公司的规章制度和劳动合同中的具体约定。在处理这一问题时，应首先查阅相关文件和规定，并秉持公平、合理的原则进行处理。如有任何疑问或争议，应及时与公司沟通或寻求法律途径解决。