结论：迟到按分钟扣钱、加班按小时算是否合理，需结合具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、劳动合同约定以及是否符合劳动法规定等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的规章制度中明确规定了迟到按分钟扣钱、加班按小时算，并且这一规定经过了上述民主程序，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规定在内部是具有法律效力的。
规章制度合理性：
- 即便规章制度合法，其合理性也是需要考虑的因素。例如，迟到按分钟扣钱可能过于严苛，尤其是当迟到时间很短且未对工作造成实质影响时。加班按小时算则相对合理，因为加班通常意味着劳动者付出了额外的工作时间。
- 合理性判断还需考虑行业惯例、公司实际情况以及劳动者权益保护等因素。
二、劳动合同约定的角度
劳动合同内容：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了迟到按分钟扣钱、加班按小时算，并且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么双方应当按照劳动合同的约定履行。
约定变更：
- 劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。如果劳动者对劳动合同中的约定有异议，可以与用人单位协商变更。协商不成的，可以通过劳动争议调解仲裁等途径解决。
三、劳动法规定的角度
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。迟到扣钱属于对工资的扣减，必须合法合理，不能违反劳动法的规定。
- 如果迟到扣钱导致劳动者工资低于当地最低工资标准，或者扣减比例过高，可能构成违法。
加班工资规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 加班按小时算本身并不违反劳动法规定，但关键在于加班工资的支付是否符合上述标准。
四、建议与总结
建议：
- 对于劳动者而言，如果认为公司的迟到扣钱或加班工资支付规定不合理或违法，可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁。
- 对于用人单位而言，应当制定合法合理的规章制度，并确保劳动合同的约定符合法律、行政法规的规定。同时，应当加强与劳动者的沟通，共同维护和谐的劳动关系。
总结：
- 迟到按分钟扣钱、加班按小时算是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及劳动法规定进行综合判断。在维护自身权益的同时，也应当遵守法律法规和公司规章制度，共同促进劳动关系的和谐稳定。
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