员工加班时间迟到，是否扣工资，这并非一个绝对的问题，而是需要根据具体情况来判定。下面我从几个方面来详细解析这个问题：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 首先，要看员工与公司签订的劳动合同中是否有关于加班时间迟到的具体规定，以及公司是否有明确的规章制度对此进行规定。
   • 如果劳动合同或规章制度中明确规定了加班时间迟到需要扣工资，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司是有权按照约定扣减工资的。

2. 合理性考量：

   • 即便劳动合同或规章制度中有相关规定，扣减工资也需要考虑其合理性。比如，迟到的时间长短、是否对公司造成了实际损失、扣减的金额是否合理等。
   • 如果迟到只是短暂的几分钟，且并未对公司造成任何实际损失，那么扣减大量工资显然是不合理的。

3. 法律法规限制：

   • 公司的任何扣减工资行为都不能违反法律法规的强制性规定。比如，不能低于最低工资标准支付工资，不能违反关于加班工资的规定等。
   • 如果公司的扣减工资行为违反了法律法规，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

4. 特殊情况处理：

   • 如果员工加班时间迟到是因为不可抗力或公司原因（如设备故障、工作安排不当等），那么公司通常是不应该扣减工资的。
   • 在这种情况下，员工可以与公司进行沟通，说明迟到的原因，并争取公司的理解和支持。

综上所述，员工加班时间迟到是否扣工资，需要根据劳动合同、规章制度、法律法规以及具体情况来综合判断。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。