结论前置：注册个体户后，将自家厂房以个人名义出租是合法的，但需注意确保出租行为符合相关法律法规，如办理相关租赁备案手续、确保厂房符合出租条件等。

详细分析：

1. 个体户与厂房出租的关系：

   • 注册个体户后，你作为个体户的经营者，仍然有权以个人名义处理自己的财产，包括出租自家厂房。
   • 个体户的注册并不影响你作为厂房所有权人的权利，因此出租厂房的行为与个体户的经营活动可以分开看待。

2. 出租厂房的合法性：

   • 出租厂房需要确保厂房的产权清晰，无争议，且你作为出租人有权出租该厂房。
   • 出租厂房时，应签订正式的租赁合同，明确双方的权利和义务，包括租金、租赁期限、维修责任等。
   • 根据《城市房地产管理法》等相关法律法规，出租厂房可能需要办理租赁备案手续，以确保租赁行为的合法性。

3. 注意事项：

   • 在出租厂房前，建议咨询当地房地产管理部门或专业律师，了解具体的租赁备案手续和税费政策。
   • 确保厂房符合出租条件，如安全、消防等方面符合相关规定，以避免因厂房问题导致的租赁纠纷。
   • 在租赁合同中明确约定违约责任和争议解决方式，以便在发生纠纷时能够及时处理。

综上所述，注册个体户后，将自家厂房以个人名义出租是合法的，但在出租过程中需遵守相关法律法规，确保出租行为的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。