工程款纠纷本身不影响开发票，但实际操作中可能因纠纷而暂停开票。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析和处理：
一. 工程款纠纷与开票的关系
- 法律层面：根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票的开具应当基于真实的交易行为，与工程款是否存在纠纷无直接关系。即，只要交易行为真实发生，无论款项是否已结清，卖方都有义务开具发票。
- 实际操作：然而，在实际操作中，如果双方存在工程款纠纷，卖方可能会担心开票后无法收到款项，或者买方可能会要求先解决纠纷再开票。这导致在纠纷解决前，发票的开具可能会受到一定影响。
二. 如何处理工程款纠纷中的开票问题
- 沟通协商：首先，双方应就工程款纠纷和开票问题进行沟通协商，明确各自的权利和义务，以及开票的时间和条件。如果可能，可以达成书面协议，以避免后续的争议。
- 依据合同条款：如果合同中明确规定了开票的时间和条件，双方应严格按照合同条款执行。如果合同未明确规定，则应参考行业惯例和法律法规进行协商。
- 寻求法律援助：如果双方无法就纠纷和开票问题达成一致，可以寻求法律援助，如咨询律师或申请仲裁、诉讼等。在此过程中，律师可以帮助双方明确法律责任，提供解决方案。
三. 我的建议
- 保持沟通：无论纠纷如何，双方都应保持沟通，以寻求解决问题的最佳方案。
- 遵循法律：在纠纷处理过程中，双方都应遵循法律法规，不得采取违法手段进行威胁或恐吓。
- 及时开票：如果纠纷已解决或双方已就开票问题达成一致，卖方应及时开具发票，以避免后续的税务问题。
综上所述，工程款纠纷本身不影响开发票，但在实际操作中可能因纠纷而暂停开票。双方应通过沟通协商、依据合同条款或寻求法律援助等方式解决纠纷和开票问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。