招标公司工程招标代理费用按照1%收取，如果是按照差额定率累进法计算得出的，则有法律依据。具体分析如下：

一. 法律依据

• 根据《招标代理服务收费管理暂行办法》第九条，招标代理服务费用应按照差额定率累进法计算，具体费率可参考该办法所附的《招标代理服务收费标准》。若中标价为4500万元，根据该标准，可计算出相应的招标代理服务费用。

二. 费率计算

• 假设按照差额定率累进法计算，且以该办法所附的《招标代理服务收费标准》中的费率为准，那么对于4500万元的中标价，其招标代理服务费用将按照不同的费率区间分段计算后累加得出。
• 具体计算过程可能涉及多个费率区间，每个区间的费率不同，且通常随着中标价的增加而递减。因此，无法直接给出1%这一单一费率是否适用的结论，而需要根据实际中标价和费率标准进行详细计算。

三. 结论

• 如果招标公司按照差额定率累进法计算得出的招标代理服务费用为中标价的1%，那么这一收费标准是有法律依据的。但需要注意的是，实际费率可能因中标价的不同而有所变化，并非固定为1%。
• 如果招标公司未按照规定的费率标准计算招标代理服务费用，或者存在其他违法行为，那么其收费标准将可能无法律依据，甚至可能面临法律责任。

综上所述，招标公司工程招标代理费用按照1%收取是否有法律依据，取决于其是否按照规定的费率标准进行计算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。