透支年假离职扣钱的具体计算方式需根据公司的具体规定和劳动合同来确定，但通常应遵循以下原则：

一. 透支年假的定性

1. 透支年假，即员工在离职时未休完其应享的年假，且已超出公司允许的范围或未按照公司规定进行休假。
2. 根据《职工带薪年休假条例》及其实施办法，员工有权享受带薪年休假，但具体休假天数、休假方式及未休年假的处理方式需由公司规定或劳动合同约定。

二. 扣钱计算的原则

1. 公司规定或劳动合同有明确条款：若公司规定或劳动合同中明确规定了透支年假离职时的扣钱标准，则按照该标准执行。

    - 例如，某公司规定透支一天年假需扣除两天工资，则员工透支的年假天数乘以2即为应扣工资的天数。
   

2. 无明确条款时的处理：若公司规定或劳动合同中未明确规定透支年假的扣钱标准，公司通常有权根据员工的实际透支天数和日工资标准进行合理扣除。

    - 日工资标准可按照员工离职前一个月的月平均工资除以当月实际出勤天数（不含加班天数）来计算。
    - 透支年假的扣钱金额 = 透支年假天数 × 日工资标准。
   

三. 特殊情况的处理

1. 若员工透支年假是因公司原因（如工作安排、加班等）导致，且公司无法提供合理的休假机会，员工透支年假离职时不应被扣钱。
2. 若员工与公司就透支年假扣钱问题存在争议，建议双方通过协商解决；协商不成的，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

我建议，在离职前与公司人事部门或财务部门沟通确认透支年假的扣钱标准，以避免不必要的纠纷。同时，也请保留好相关证据（如劳动合同、公司规定、工资单等），以便在需要时维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。