工程项目由施工单位聘请有资质的预算机构作出的预算，不能直接认定为合法预算。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 预算的合法性认定

1. 预算机构的资质：首先，预算机构必须具备相应的资质，这是其进行预算工作的前提。根据相关法律法规，从事工程造价咨询业务的机构应当具备相应的资质，并在其资质等级许可的范围内从事工程造价咨询活动。
2. 预算的编制过程：合法的预算不仅需要由有资质的预算机构编制，还需要遵循相关法律法规和行业标准，确保预算的准确性和合理性。例如，预算应当依据国家颁布的定额、标准、规范以及工程所在地的市场价格信息进行编制。
3. 预算的审核与批准：预算完成后，通常还需要经过相关部门的审核和批准，以确保其符合法律法规和工程实际要求。这一环节是预算合法性认定的重要组成部分。

二. 施工单位聘请预算机构的影响

• 施工单位聘请有资质的预算机构进行预算编制，是确保预算合法性的一个重要步骤。然而，这并不意味着预算自动合法，因为预算的合法性还取决于编制过程是否规范、是否遵循相关法律法规和行业标准等因素。

三. 实例说明

• 例如，某施工单位聘请了一家具有甲级资质的预算机构为其工程项目编制预算。虽然预算机构具备相应资质，但在编制过程中未严格遵循国家颁布的定额和标准，导致预算结果偏高。在这种情况下，即使预算是由有资质的机构编制的，也不能认定为合法预算。

综上所述，工程项目由施工单位聘请有资质的预算机构作出的预算，并不能直接认定为合法预算。预算的合法性还需要考虑预算机构的资质、预算的编制过程以及预算的审核与批准等多个因素。因此，在认定预算的合法性时，应当进行全面的审查和评估。如有进一步需要，您可以继续咨询我。