分包合同中约定建设单位款项不到分包方不得起诉，这样的条款在一定条件下是有效的。

具体来说，这类条款并非完全排斥当事人的基本诉讼权利，而是对起诉权在一定期限内的限制，而不是对其诉讼权利的否定和剥夺。只是推迟了提起诉讼的时间，超过双方约定的时间后，当事人仍然可以随时行使自己的诉讼权利。

例如，在《六盘水恒鼎实业有限公司、重庆千牛建设工程有限公司建设工程施工合同纠纷案》中，最高院就认可了付款协议中“在付款期限内不得提起诉讼”的条款效力。法院认为，该条款并未违反法律、行政法规的强制性规定，且没有证据表明签订时存在欺诈、胁迫的情形，因此该条款是有效的。

然而，也需要注意，如果这类条款被滥用，比如设置的限制期限过长，或者在其他方面对当事人的权利造成了过分的不合理限制，那么可能会因为违反法律的公平原则而被认定为无效。

因此，在签订分包合同时，对于这类条款的约定需要谨慎对待，确保其合理性和合法性。如果遇到相关纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。