针对您提出的“非法经营老板指证员工怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，员工在非法经营中的责任取决于其是否知情以及参与的程度。

1. 员工不知情的情况：

   • 如果员工对公司非法经营的行为并不知情，且日常仅按上级要求完成常规工作，那么根据法律规定，该员工通常不构成犯罪。在此情况下，员工无需承担刑事责任，但可能需要配合相关部门的调查，以证明自己的不知情。

2. 员工知情并参与的情况：

   • 若员工知情并积极参与了公司的非法经营活动，那么其责任将根据其在共同犯罪中的作用来判定。
   • 从犯：在共同犯罪中起次要或辅助作用的员工，会从轻、减轻或免除处罚。例如，仅帮忙传递资料、提供辅助性支持等。
   • 主犯：组织、领导犯罪集团或在共同犯罪中起主要作用的员工，将按其参与或指挥的全部犯罪进行处罚。这通常包括积极参与策划、实施非法经营行为等。

3. 司法机关的裁量：

   • 司法机关在判决时，会综合考虑员工在犯罪中的作用、获利情况、认罪态度以及是否有悔罪表现等因素来量刑。

4. 员工的应对策略：

   • 如果员工被指证参与非法经营，应积极配合司法机关的调查，如实陈述事实，并提供相关证据来证明自己的清白或减轻责任。
   • 如果确实参与了非法经营，应主动认罪、悔罪，并争取从宽处理。

综上所述，非法经营中老板指证员工的处理方式主要取决于员工是否知情以及参与的程度。员工应积极配合调查，并根据自己的实际情况采取相应的应对策略。同时，也提醒所有员工要时刻保持警惕，避免卷入任何非法活动中。