是的，单位起诉不服仲裁确定的劳动关系时，确实需要单位承担举证责任，来证明你与其不存在劳动关系。下面我来详细解释一下这个问题：

在劳动仲裁中，如果仲裁机构已经确定了劳动关系存在，而单位对此不服提起起诉，那么根据“谁主张谁举证”的原则，单位作为主张劳动关系不存在的一方，应当承担相应的举证责任。也就是说，单位需要提供足够的证据来支持其主张，证明你与其之间并不存在劳动关系。

这些证据可能包括但不限于：单位的员工名册、工资发放记录、社保缴纳记录、考勤记录等，能够直接反映单位与员工之间劳动关系情况的材料。如果单位无法提供充分的证据来证明其主张，那么法院可能会倾向于维持仲裁机构的裁决，即确认劳动关系的存在。

因此，如果你面临这样的情况，建议你在诉讼过程中积极配合法院的调查，同时你也可以提供自己掌握的一些证据，如工作证、工作服、银行流水等，来进一步证明你与单位之间存在劳动关系。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，都可以直接向我咨询。