在民间借贷纠纷案中，如果被告提出原告的资金来源不合法，法官是否会明确调查，这个问题涉及到法院审理案件的原则和程序。以下是对此问题的详细解答：

一般情况下，法院不会主动去调查原告的资金来源。法院的主要职责是依据双方提供的证据来审理案件，确定借贷关系是否存在、借款金额以及还款情况等。通常，法院会仔细审查借贷双方所签订的借款合同、借款凭证、还款记录等相关证据。

但在特定情形下，法院有可能会对原告的资金来源展开调查。这种特定情形主要包括：原告的资金来源出现了非常明显的违法迹象，或者与案件的实际情况有着紧密相关的异常状况，并且这种异常情况极有可能会对案件的公正审理产生影响。在这些情况下，为了确保案件的公正性和合法性，法院可能会进行相关的调查工作。

如果被告对原告的资金来源产生疑问，需要提供相应的证据来证明自己的主张。仅仅以原告的资金来源不明确作为抗辩理由，通常是难以获得法院的支持的。因此，被告在提出抗辩时，应当尽可能提供充分的证据来支持自己的观点。

综上所述，在民间借贷纠纷案中，法官是否会明确调查原告的资金来源，取决于案件的具体情况和被告提供的证据。如果被告有充分的证据证明原告的资金来源不合法，并且这种不合法性可能影响到案件的公正审理，那么法官有可能会展开调查。否则，在一般情况下，法官不会主动去调查原告的资金来源。