保险公司不能以过去跑过黑车为由拒绝现在合法行车发生事故的保险商业险理赔。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据与分析

1. 合法行车与保险理赔的关系：根据保险合同的约定，保险公司在被保险车辆发生事故时，应按照合同约定的条款进行理赔。被保险车辆在事故发生时是否合法行车，是判断保险公司是否应承担理赔责任的关键因素。
2. 过去跑黑车与现在合法行车的关系：虽然过去跑黑车属于非法运营行为，但这与现在合法行车发生的事故无直接因果关系。保险公司在评估理赔请求时，应基于事故发生时的实际情况，而非被保险车辆过去的行为。
3. 《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定：该法第十九条规定了驾驶机动车应依法取得机动车驾驶证，并强调了合法驾驶的重要性。然而，这一条款并未提及过去非法驾驶行为可以作为保险公司拒绝现在合法行车发生事故理赔的理由。

二. 推理总结

• 基于上述分析，我们可以明确，保险公司不能以被保险车辆过去跑过黑车为由，拒绝现在合法行车发生事故的保险商业险理赔。
• 保险公司在处理理赔请求时，应严格遵循保险合同的约定，并基于事故发生时的实际情况进行评估。
• 过去非法驾驶行为虽应受到法律制裁，但不应成为保险公司拒绝现在合法行车发生事故理赔的借口。

我的观点是，保险公司的理赔决定应基于事故发生时的实际情况和保险合同的约定，而非被保险车辆过去的行为。因此，保险公司不能以过去跑过黑车为由拒绝现在合法行车发生事故的保险商业险理赔。如有进一步需要，您可以继续咨询我。