保险公司不能因车辆一年前跑过黑车而现在合法出车发生事故就拒绝商业险理赔。以下是具体的分析：

一. 保险理赔的依据

• 保险理赔是根据保险合同来进行的，属于平等主体之间的民事关系。这意味着，只要保险合同中有明确的约定，并且投保人已经按照合同约定履行了义务，保险公司就应当按照合同进行理赔。

二. 近因原则

• 根据《保险法》所确定的近因原则，保险人承担理赔责任的前提是损害结果与危险事故的发生具有直接的因果关系。也就是说，如果事故的发生与车辆是否跑过黑车无直接因果关系，那么保险公司就不能以此为由拒绝理赔。

三. 跑黑车与合法出车的关系

• 题目中提到的是车辆一年前跑过黑车，但现在已经是合法出车。这意味着，在事故发生时，车辆是处于合法运营状态的。因此，保险公司不能因车辆过去的非法运营行为而拒绝现在合法状态下的理赔请求。

四. 保险公司的责任

• 如果保险公司以车辆一年前跑过黑车为由拒绝现在的商业险理赔，那么他们将承担相应的法律责任。因为这种行为违反了保险合同的约定和《保险法》的相关规定。

综上所述，保险公司不能因车辆一年前跑过黑车而现在合法出车发生事故就拒绝商业险理赔。如果保险公司以此为由拒绝理赔，投保人可以依法维护自己的权益，要求保险公司按照保险合同的约定进行理赔。如有进一步需要，您可以继续咨询我。