如果建设方在招标文件中指定了三个品牌，而其中有两个品牌不符合规定，那么这样的指定是不合法的，应当予以纠正。以下是对此问题的详细分析：

一. 指定品牌的不合法性

1. 违反招投标原则：根据《中华人民共和国招标投标法》第五条，招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。指定特定品牌可能会限制其他潜在投标人的参与，从而违反这些原则。
2. 构成不合理限制：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十二条，招标人不得以不合理的条件限制、排斥潜在投标人或者投标人。其中，限定或者指定特定的品牌属于不合理条件之一。
3. 违反政府采购规定：如果是政府采购项目，根据《中华人民共和国政府采购法实施条例》第二十条，采购人或者采购代理机构限定或者指定特定的品牌也构成对供应商的差别待遇或歧视待遇。

二. 处理建议

1. 要求纠正：作为投标人或其他相关方，可以向建设方或招标代理机构提出异议，要求纠正招标文件中的不合理品牌指定。
2. 寻求监管：如果建设方或招标代理机构不予纠正，可以向相关监管部门（如招投标监管部门、政府采购监管部门等）进行投诉，请求其介入调查并处理。
3. 法律救济：如果因品牌指定问题导致自身权益受损，还可以考虑通过法律途径寻求救济，如提起行政诉讼等。

三. 结论

综上所述，建设方在招标文件中指定三个品牌且其中有两个品牌不合规定是不合法的。应当通过合法途径要求纠正，并寻求必要的法律救济。如有进一步需要，您可以继续咨询我。