公司给员工单独设置打卡时间并不一定违法，但需要结合具体情况来判断。
首先，我们要明确的是，公司有权根据自身的经营需要和员工的工作性质，合理设定工作时间和考勤制度。这包括打卡时间的设置，但前提是该设置必须符合国家法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。
合法合规性：
- 如果公司单独设置打卡时间，但该时间设置仍然符合《中华人民共和国劳动法》中关于工作时间、加班时间等规定，那么这种设置就是合法的。例如，公司规定员工上午9点打卡上班，下午6点打卡下班，且没有超出法定工作时间和加班时间的限制，那么这种设置就不违法。
侵犯员工权益：
- 如果公司单独设置的打卡时间不合理，如过早或过晚，导致员工无法享受正常的休息时间，或者变相要求员工加班而不支付加班费，那么这种设置就可能侵犯了员工的合法权益，构成违法。
特殊情况考虑：
- 对于某些特殊行业或岗位，如医生、警察等，由于其工作性质的特殊性，可能需要设置不同的打卡时间。在这种情况下，只要该设置符合行业规定和法律法规，也是合法的。
综上所述，公司给员工单独设置打卡时间并不必然违法，关键在于该设置是否合法合规、是否侵犯员工权益以及是否符合特殊行业或岗位的要求。如果你对公司的打卡时间设置有疑问或认为其存在违法情况，建议与公司沟通协商，或者向当地劳动监察部门咨询或投诉。