员工患职业病，主要由卫生健康行政部门来处理。具体来说：

1. 职业病的诊断与鉴定：员工若怀疑自己患有职业病，首先需到具有职业病诊断资质的医疗卫生机构进行职业病诊断。如对诊断结论有异议，可向设区的市级卫生健康行政部门申请鉴定，再不服则可向省级卫生健康行政部门申请再鉴定，省级鉴定为最终鉴定。

2. 职业病的报告与统计：医疗卫生机构发现职业病病人或者疑似职业病病人时，应当及时向所在地卫生健康行政部门报告。卫生健康行政部门则负责职业病的统计、分析和报告工作。

3. 职业病的监督与管理：卫生健康行政部门还负责对用人单位的职业病防治工作进行监督检查，确保用人单位落实职业病防治措施，保护劳动者健康。对于违反职业病防治法律法规的用人单位，卫生健康行政部门可依法进行处罚。

4. 职业病患者的权益保障：员工被确诊为职业病后，依法享有相应的工伤待遇。卫生健康行政部门在职业病患者的工伤认定、劳动能力鉴定以及工伤保险待遇支付等方面，也发挥着重要的监督和管理作用。

因此，员工患职业病后，应及时向当地卫生健康行政部门报告，并积极配合进行职业病诊断与鉴定，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。