员工申请年休假工资差额，公司方若欲反驳，需从员工是否已休年休假、年休假工资是否已支付、以及是否存在特殊工作需求等方面入手。以下是具体的反驳路径：

一. 员工已休年休假

1. 核查休假记录：公司应首先核查员工的休假记录，包括考勤表、请假单等，以证明员工已经享受了年休假。若员工确实已休年休假，则不存在工资差额的问题。
2. 提供休假证明：如员工在休假期间有外出旅游、探亲等记录，公司可要求员工提供这些证明，以进一步证实其已休年休假。

二. 年休假工资已支付

1. 核查工资支付记录：公司应详细核查工资支付记录，特别是员工年休假期间的工资支付情况。若已按照员工日工资收入的300%支付了年休假工资，则不存在工资差额。
2. 提供工资支付凭证：公司可提供银行转账记录、工资条等凭证，以证明年休假工资已经足额支付。

三. 存在特殊工作需求

1. 说明工作需求：若公司因生产、工作特点确有必要跨年度安排员工年休假，或因特殊工作需求无法安排员工休年休假，公司应详细说明这些情况，并提供相关证据。
2. 证明员工同意：若公司因工作需要不能安排员工休年休假，且已征得员工本人同意，并支付了相应的年休假工资报酬，则公司可据此反驳员工的工资差额申请。

四. 其他反驳点

1. 员工未提出休假申请：如员工未按照公司规定提出年休假申请，或申请未被批准，公司可据此反驳其年休假工资差额的申请。
2. 员工已享受其他福利：如公司已为员工提供其他形式的福利或补偿，以替代年休假，公司也可据此进行反驳。

我建议，公司方在反驳员工年休假工资差额申请时，应确保反驳理由充分、证据确凿，并严格按照相关法律法规进行。同时，公司也应加强内部管理，确保员工的年休假权益得到妥善保障，避免类似的纠纷发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。