人民调解员不能自行判定自己签订的调解协议无效并废除。下面我将从相关法律规定和实际情况进行详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《最高人民法院关于审理涉及人民调解协议的民事案件的若干规定》，经人民调解委员会调解达成的、有民事权利义务内容，并由双方当事人签字或者盖章的调解协议，具有民事合同性质。这意味着调解协议一旦签订，就具备了法律约束力，不能随意变更或废除。
   • 若要变更或撤销调解协议，或者确认调解协议无效，需要当事人一方向人民法院起诉，并提供充分的证据来支持自己的诉讼请求。人民法院在受理此类案件后，会依据相关法律规定进行审理，并作出相应的判决或裁定。

2. 实际情况：

   • 人民调解员作为调解过程中的中立第三方，其职责是促使双方当事人自愿达成调解协议，解决纠纷。他们并没有权力自行判定调解协议的有效性或废除已经签订的调解协议。
   • 如果当事人认为调解协议存在无效或可撤销的情形，应当通过法律途径来维护自己的合法权益，即向人民法院提起诉讼，请求法院对调解协议的效力进行审查并作出判决。

综上所述，人民调解员不能自行判定自己签订的调解协议无效并废除。如果当事人对调解协议的效力有异议，应当通过法律途径来解决。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。