要消除存量违法占地问题，需依法采取一系列措施，包括责令退还土地、限期拆除或没收建筑物、并处罚款，以及追究刑事责任等。以下是对此问题的详细分析：

一. 明确违法占地的法律责任

• 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。这一条款明确了违法占地的首要责任是退还土地。

二. 分类处理违法占地

1. 对于违反土地利用总体规划的情况：需限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。这旨在纠正违法占地行为，恢复土地的正常使用状态。
2. 对于符合土地利用总体规划的情况：应没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。这既体现了对违法行为的惩罚，也考虑了土地资源的合理利用。

三. 追究相关责任人员的法律责任

• 对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。这有助于强化单位内部的土地管理责任，防止类似违法行为再次发生。

四. 构成犯罪的，依法追究刑事责任

• 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。这一条款为严重违法占地行为提供了刑事制裁的依据。

五. 特殊情况的考虑

• 对于某些具有特定价值的历史文化建筑或拆除会给周围环境造成更大安全隐患的违建，可能依据相关法律法规不予拆除，但需采取其他措施解决安全隐患或保留其历史文化价值。

综上所述，消除存量违法占地问题需要政府、社会和个人共同努力，依法依规进行处理。我建议相关部门应加大执法力度，对违法占地行为进行严厉打击；同时，也应加强土地管理法规的宣传和教育，提高公众的土地法律意识。如有进一步需要，您可以继续咨询我。