存量违法建设的处理方法主要包括责令停止建设、限期拆除与强制拆除、没收实物或违法收入、罚款、补办手续以及其他处罚措施。具体分析如下：

1. 责令停止建设：

   • 针对正在进行的违法建设行为，相关部门会首先责令当事人立即停止建设，以防止违法行为的持续和扩大。这一措施旨在及时制止违法行为，减少后续处理的难度和成本。

2. 限期拆除与强制拆除：

   • 对于那些严重违反城乡规划、土地利用总体规划等法规，且无法通过改正来符合规划要求的违法建设，相关部门会责令当事人在规定期限内自行拆除。如果当事人逾期不拆除，行政机关将依法实施强制拆除，并遵循法定的催告、公告、强制执行决定等程序。需要注意的是，强制拆除可能会产生由违法者承担的费用。

3. 没收实物或违法收入：

   • 对于某些虽然违反规划但尚可改正的违法建设，如果责令改正后，建筑无法恢复原状或拆除会造成重大损失，相关部门可以依法没收违法建筑实物或者因违法建设所获得的收入。

4. 罚款：

   • 根据违法建设的情节轻重，相关部门会依法对当事人处以罚款。罚款的幅度会依据相关法律法规来确定，通常会考虑违法建筑的面积、价值等因素。例如，《城乡规划法》就规定了违法建设行为可以并处建设工程造价百分之五至百分之十的罚款。

5. 补办手续：

   • 对于部分存在合理性且符合当前规划要求的违法建设，如果当事人提出申请，相关部门可以允许其补办建设手续，使其合法化。这通常适用于一些历史遗留的建筑物，由于当时特殊情况未办理完整手续，但现在符合规划和安全要求，经审核后可以补办手续。

6. 其他处罚措施：

   • 除了上述措施外，根据具体情况和法律法规，还可能采取公示违法行为、记入信用记录等其他处罚措施，以警示和教育责任人。

我建议：在处理存量违法建设时，应综合考虑违法建设的具体情况、法律法规的要求以及社会公共利益等因素，选择最合适的处理方式。同时，也应鼓励社会各界参与监督，共同维护城乡规划和建设秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。