关于历史存量非法用地的处理，这是一个涉及多个方面和层次的复杂问题。以下是我根据相关法律法规和政策，结合实践经验，给出的详细解答：
一、处理原则与目标
处理历史存量非法用地，应遵循依法依规、分类处理、稳妥处置的原则，旨在恢复土地合法状态，维护土地规划权威，并防止类似问题再次发生。
二、处理流程与措施
详细调查与认定
- 对非法用地的位置、面积、用途、违法主体等关键信息进行全面调查。
- 搜集相关证据材料，如土地出让合同、规划文件等，确保事实清楚、证据确凿。
依法分类处理
- 责令退还非法占用土地：依据《土地管理法》等相关法律法规，对未经批准或骗取批准占用的土地，责令退还。
- 限期拆除或没收非法建筑：违反土地利用总体规划的，限期拆除新建建筑物，恢复土地原状；符合规划的，没收非法建筑，并可并处罚款。
- 处理非法批准占用土地：对无效批准文件，应收回土地；拒不归还的，按非法占用论处。
- 补办手续与确权登记：对符合规划且可补办的项目，要求限期整改后补办用地审批手续，并缴纳相关税费和罚款。但需注意，不得为乱占耕地、违反生态保护红线等情形办理登记。
加强监管与后续跟踪
- 建立长效机制，分析违法用地原因，完善土地监管制度，加强日常巡查和动态监测。
- 强化对建设活动的监督管理，依法处理违反城乡规划的行为。
- 对已处理的违法用地进行跟踪检查，确保执行到位，土地恢复到合法状态，并将相关信息纳入土地管理档案。
分类分步稳妥处置
- 针对农村乱占耕地建房等存量问题，采取试点先行、分类分步的原则，重点管住新增、遏制增量。
- 根据具体情况，采取拆除复耕、补办手续、生态修复、依法查处等差异化措施，避免“一刀切”。
法律责任追究
- 对情节严重、造成恶劣影响的违法用地行为，除拆除和恢复外，还应依法追究违法主体的行政责任甚至刑事责任。
- 对参与违法用地的国家机关工作人员，给予严格的党纪政纪处分。
三、特别说明
- 处理历史存量非法用地时，需综合考虑法律、规划、政策等多个方面，采取分类处理、稳妥处置的策略。
- 在处理过程中，应注重保护当事人的合法权益，确保处理措施的合法性和合理性。
- 对于涉及复杂历史遗留问题的非法用地，应谨慎处理，避免引发新的矛盾和纠纷。
如果您在处理历史存量非法用地过程中遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将竭诚为您提供专业的法律服务和支持。