针对您提出的“历史遗留违法占地怎么处理”这一问题，以下是一个清晰、详细、有深度的解答：

历史遗留违法占地问题的处理，通常需要遵循一系列法律法规和政策指导，以确保处理的合法性、公正性和有效性。以下是一些处理此类问题的基本原则和步骤：

一、查明情况

首先，需要对违法占地的历史使用情况和现状进行全面、细致的调查。这包括了解占地的具体时间、地点、面积、用途，以及是否涉及耕地、基本农田等敏感土地类型。同时，还需要查明违法占地的责任主体，是个人、企业还是政府机构等。

二、分类处理

根据违法占地的具体情况和性质，可以将其分为不同的类别进行处理：

1. 对于符合土地利用总体规划和村镇规划的违法占地：

   • 如果违法占地行为发生在相关法律法规修改之前，可以按照修改前的法律法规进行处罚后，依法完善用地手续。
   • 如果违法占地行为发生在相关法律法规修改之后，但属于政府责任的，由当地政府向上一级政府作出深刻书面检查；属于用地单位或个人责任的，由当地国土资源管理部门依法处罚。在落实耕地占补平衡、做好征地补偿安置工作后，对于符合土地利用总体规划的，依法办理用地手续；不符合土地利用总体规划的，依法调整规划并补办用地手续。

2. 对于经营性用地：

   • 如果在特定时间节点前已经进行了前置审批或签订了书面项目开发协议并实施建设的，可以继续以协议方式供地，补交出让金后补办用地手续。
   • 如果在特定时间节点后实施建设的，必须在依法从严处理后，按当年周边招标、拍卖、挂牌出让最高地价补交出让金后补办用地手续。

3. 对于涉及耕地占补平衡的违法占地：

   • 如果符合补办用地手续条件并涉及占用耕地或基本农田的，由所在市、县人民政府负责落实耕地占补平衡，按照“数量不减少、质量不降低”的原则，补交耕地开垦费，或制定补划方案并限期落实。

三、完善手续

在查明情况并分类处理后，对于符合条件的违法占地，需要依法完善用地手续。这包括办理用地审批手续、进行登记发证等，以确保土地的合法使用。

四、加强监管和执法

为了防止类似问题的再次发生，需要加强土地监管和执法力度。各级政府和国土资源管理部门应建立健全土地监管机制，加强对土地使用的日常巡查和监管，及时发现并处理违法占地行为。同时，还需要加大对违法占地行为的处罚力度，提高违法成本，形成有效的威慑力。

五、政策引导和公众参与

政府还可以通过制定相关政策来引导土地使用者合法用地，如提供土地使用规划、鼓励土地节约集约利用等。此外，还可以加强公众参与和监督，鼓励公众举报违法占地行为，形成全社会共同参与土地管理的良好氛围。

综上所述，历史遗留违法占地问题的处理需要综合考虑多方面因素，并遵循相关法律法规和政策指导。通过查明情况、分类处理、完善手续、加强监管和执法以及政策引导和公众参与等措施，可以逐步解决历史遗留违法占地问题，促进土地的合法、有序使用。