针对您提出的“土地违法遗留案件怎么处理”的问题，这确实是一个涉及土地管理和法律规定的复杂议题。以下是我根据相关政策法规，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，对于历史遗留的土地违法案件，特别是农村违法宅基地问题，处理的原则是依法依规，同时考虑历史使用情况和现状。

1. 查明土地历史使用情况和现状：

   • 这是处理土地违法遗留案件的第一步。需要详细调查土地的历史使用记录，包括何时开始使用、使用方式、使用者等信息，以及当前土地的使用状况。

2. 按上级有关文件规定办理：

   • 根据《办法》第二十一条的规定，对于确需补办用地审批手续的违法宅基地，应当按照上级有关文件的规定进行办理。这通常涉及向相关部门提交申请，提供必要的证明材料，并等待审批结果。

3. 依法补办用地批准手续：

   • 对于符合土地利用总体规划与村镇规划以及有关用地政策的违法宅基地，可以依法补办用地批准手续。这包括填写申请表、提供土地权属证明、规划许可证等材料，并经过相关部门的审核和批准。

4. 进行登记发证：

   • 在补办用地批准手续后，违法宅基地可以依法进行登记发证。这是确认土地使用权的重要步骤，也是保障土地使用者合法权益的重要手段。

5. 特殊情况的处理：

   • 对于符合当地分户建房条件但未分户，且未经批准另行建房分开居住的情况，如果其新建房屋占用的宅基地符合相关规划，并经本农民集体经济组织或村民委员会同意并公告无异议或异议不成立的，也可以按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记。
   • 对于未分开居住但实际使用的宅基地没有超过分户后建房用地合计面积标准的，依法按照实际使用面积予以确权登记。

6. 注意事项：

   • 在处理土地违法遗留案件时，必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保处理结果的合法性和有效性。
   • 同时，也需要考虑实际情况和历史原因，做到公平、公正、合理。

综上所述，处理土地违法遗留案件需要综合考虑多个因素，包括土地的历史使用情况、现状、规划要求以及相关政策法规等。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，建议咨询当地土地管理部门或专业律师以获取更具体的指导和建议。