首先，以协议的形式进行乱收费是违法的。乱收费本身违反了价格法律法规，而借助协议的形式来掩盖这一行为，并不能改变其违法的本质。

针对这种情况，你可以采取以下措施来处理：

1. 核查协议内容：

   • 仔细审查协议中的收费条款，确认是否存在不合理或过高的费用。
   • 对比相关法律法规和行业标准，评估收费的合理性。

2. 收集证据：

   • 保留协议原件或复印件，以及所有与收费相关的凭证，如发票、收据等。
   • 如果可能，记录与收费方沟通的过程，包括电话录音、聊天记录等，作为证据备用。

3. 与收费方协商：

   • 尝试与收费方进行沟通，表达你对收费的质疑，并要求其提供合理的解释或调整收费。
   • 如果协商无果，可以考虑寻求法律援助或向相关部门投诉。

4. 向相关部门投诉：

   • 根据你所在地的法律法规，向价格主管部门、消费者协会或其他相关部门投诉乱收费行为。
   • 提交详细的证据材料，包括协议、收费凭证等，以支持你的投诉。

5. 寻求法律救济：

   • 如果乱收费行为给你造成了经济损失，你可以考虑向法院提起诉讼，要求赔偿损失。
   • 在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明乱收费行为的存在以及由此造成的损害。

总之，面对以协议形式进行的乱收费行为，你应该积极采取措施来维护自己的合法权益。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。