结论：协议盖公章且法人收款是否违法不能一概而论，需分情况讨论，具体处理方式也因情况而异。

1. 协议合法有效且收款行为合规

   • 情况说明：如果协议内容合法，双方意思表示真实，且公章的使用符合公司规定，法人作为公司代表收款，且该款项属于协议约定的应付款项，那么这种行为是合法的。
   • 处理方式：无需特殊处理，这是正常的商业行为。

2. 协议存在瑕疵但收款行为本身不违法

   • 情况说明：如果协议存在某些形式上的瑕疵（如未明确约定收款方式），但法人收款的行为并未违反法律法规或公司章程，且款项用途合法，那么收款行为本身可能不构成违法。
   • 处理方式：建议对协议进行补充或修正，明确收款方式等关键条款，以避免未来可能产生的纠纷。

3. 协议违法或无效且收款行为涉嫌违法

   • 情况说明：如果协议内容违法（如涉及欺诈、非法集资等），或者公章被滥用（如非公司意愿下被盖），法人收款的行为可能涉嫌违法，如挪用资金、侵占公司财产等。
   • 处理方式：
     • 立即停止违法行为：如果发现收款行为涉嫌违法，应立即停止相关行为，避免进一步损失。
     • 收集证据：保留与协议、收款相关的所有证据，包括协议文本、收款凭证、沟通记录等。
     • 寻求法律救济：如果涉及公司利益受损，公司可以通过法律途径追究相关责任人的法律责任，如提起民事诉讼要求返还财产、赔偿损失等；如果涉嫌刑事犯罪，应向公安机关报案。

4. 法人个人行为与公司行为混淆

   • 情况说明：有时法人可能将个人行为与公司行为混淆，以公司名义收款但实际用于个人目的，这种行为可能构成违法。
   • 处理方式：
     • 明确行为性质：首先需要明确收款行为是法人个人行为还是公司行为，这通常通过协议内容、收款用途等来判断。
     • 追究责任：如果是法人个人行为且违法，应追究其个人法律责任；如果是公司行为但法人滥用职权，公司可以追究其内部责任，并视情况决定是否采取法律措施。

建议：在处理此类问题时，建议先对协议和收款行为进行全面审查，明确其合法性和合规性。如有任何疑问或不确定之处，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。