不能以诉讼时效抗辩不履行交付竣工资料等义务。以下是具体的法律分析：

一. 从义务的性质分析

1. 法定性：根据《建筑法》第六十一条和《建设工程质量管理条例》第十六条的规定，交付竣工验收的建筑工程必须具备完整的工程技术经济资料，这是法律、行政法规确定的强制性事项。因此，施工单位交付竣工资料的义务既是合同义务，也是法定义务，具有法定性，不因时间经过而免除。

二. 从义务的内容分析

1. 行为给付范畴：施工单位的交付竣工资料义务虽属于债权请求权范畴，但并非以财产给付为主要内容，而应属于行为给付范畴。现行法律对行为给付请求权是否适用诉讼时效并未明确规定，因此，除非法律明确规定行为给付请求权同样适用诉讼时效制度，否则应排除在诉讼时效适用情形之外。

三. 从义务履行的作用分析

1. 必要条件：交付竣工资料是确定建筑工程是否符合有关法律、法规，建筑工程质量是否合格并投入使用的必要条件，也是建设单位取得建筑工程物权的必要条件。如允许适用时效抗辩，则会导致已经完工的建筑工程因时间经过而不能办理竣工验收备案手续，进而无法取得物权，使得建筑工程长期处于权利不确定状态。

四. 从义务履行的社会价值分析

1. 公益性：建筑工程质量是否合格涉及不特定第三人的生命财产安全，具有公益性。如施工单位以诉讼时效抗辩拒绝履行竣工验收、并协助办理备案手续的义务，将导致建筑工程质量无法通过竣工验收手续来予以确认，进而无法判断建筑工程质量是否符合相关法律法规的强制性规定。

五. 从义务的履行主体分析

1. 不可替代性：竣工资料不仅用于工程竣工验收及备案，也是建设单位今后对建筑工程进行质量检测、维修保养、排查隐患等安全管理所必须。且施工单位所持有的工程竣工资料，建设单位无法通过其他途径获得，具有不可替代性。

综上所述，施工单位不能以诉讼时效抗辩不履行交付竣工资料等义务。这是因为该义务具有法定性、行为给付性、必要性、公益性和不可替代性。我的观点是，施工单位应当积极履行交付竣工资料的义务，以确保建筑工程的合法性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。