过去跑过黑车但现在合法行车发生事故，商业三者险应当赔偿。具体分析如下：

一. 保险赔偿的原则

• 商业三者险的赔偿主要依据保险合同以及相关法律法规来确定。根据《中华人民共和国保险法》第十三条，保险合同一旦成立并生效，保险人应按照合同约定承担赔偿责任。

二. 合法行车与保险赔偿的关系

• 您过去跑过黑车，但现在已经合法行车。这意味着在发生事故时，您是在合法驾驶的状态下。因此，只要事故符合保险合同的赔偿范围，且没有违反保险合同的免责条款，商业三者险就应当进行赔偿。
• 保险公司不能因您过去的非法运营行为（如跑黑车）而拒绝赔偿现在合法行车时发生的事故。保险赔偿是基于当前的事故情况和保险合同的约定，与过去的非法行为无直接关联。

三. 特殊情况下的保险赔偿

• 当然，也存在一些特殊情况，如《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条所列明的，驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶、被保险机动车被盗抢期间肇事或被保险人故意制造道路交通事故等，这些情况下保险公司可能不承担赔偿责任或仅在交强险范围内垫付抢救费用。但您所描述的情况并不属于这些特殊情况。

综上所述，在您现在合法行车的情况下发生事故，且事故符合保险合同的赔偿范围，商业三者险应当进行赔偿。如有进一步需要，您可以继续咨询我。