怀孕有医院休假证明，单位应当同意。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律法规依据

1. 《女职工劳动保护特别规定》第六条：女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。这一条款明确规定了用人单位在女职工孕期应根据医疗机构的证明采取相应措施，包括同意休假。

二. 具体情况分析

1. 医院休假证明的有效性：如果女职工提供了医院出具的休假证明，说明其因怀孕需要休息，那么这份证明在法律上是有效的。用人单位应当尊重并遵循医疗机构的建议。
2. 用人单位的责任：根据法律规定，用人单位在女职工孕期有责任提供适当的劳动保护，包括根据医疗证明调整工作安排或同意休假。如果用人单位无视医院休假证明，拒绝女职工的休假请求，那么这种行为可能违反法律规定。

三. 结论与建议

综上所述，如果怀孕女职工提供了医院出具的休假证明，用人单位应当同意其休假请求。这是用人单位的法律责任，也是保护女职工权益的重要体现。我建议女职工在提供休假证明时，确保证明的合法性和有效性，并保留好相关证据。如果用人单位拒绝同意休假，女职工可以依法维护自己的权益，包括向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。