自然人之间借款没有约定利息，税务机关不能认定收取的款项为利息。具体分析如下：

一. 法律依据明确不支持未约定利息的借款收取利息

• 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十四条：“借贷双方没有约定利息，出借人主张支付利息的，人民法院不予支持”。这表明，在自然人之间的借贷中，如果双方没有明确约定利息，那么出借人无权要求借款人支付利息。

二. 税务机关的认定应基于合同内容和实际交易情况

• 税务机关在认定款项性质时，会依据合同内容、交易凭证以及当事人的陈述等证据进行综合判断。如果借贷双方在合同中并未约定利息，且实际交易中也未产生利息支付，那么税务机关就缺乏将收取的款项认定为利息的法律依据。

三. 实际案例中的处理原则

• 在实际案例中，如果自然人之间的借款确实没有约定利息，而借款人后续向出借人支付的款项被出借人主张为利息，但无法提供有效证据支持其主张，那么法院通常不会支持出借人的这一请求。同样地，税务机关在处理此类情况时，也会遵循这一原则，不会仅凭出借人的一面之词就将款项认定为利息。

综上所述，自然人之间借款没有约定利息时，税务机关不能仅凭出借人的主张就将收取的款项认定为利息。如有进一步需要，您可以继续咨询我。