首先，需要明确的是，与纪委工作人员发生不正当关系本身是一种不道德且可能违法的行为。如果纪委工作人员不承认这种关系，处理方式将取决于具体情况和法律后果。以下是对此问题的详细分析：
一. 从法律角度来看
证据的重要性：在涉及不正当关系的指控中，证据是认定事实的关键。如果一方不承认，另一方需要提供充分、确凿的证据来证明关系的存在。这包括但不限于通信记录、视频或照片、目击证人证言等。
可能的法律责任：
二. 从纪律处分角度来看
纪委的职责与权力：纪委是党内监督专责机关，负责检查和处理党的组织和党员违反党的章程和其他党内法规的案件。如果纪委工作人员涉及不正当关系，纪委将依据相关法律法规和党内法规进行调查和处理。
可能的纪律处分：根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，与他人发生不正当性关系，造成不良影响的，将给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看甚至开除党籍等处分。具体处分措施将根据违纪行为的性质、情节和后果等因素综合确定。
三. 建议与结论
收集证据：如果指控纪委工作人员有不正当关系，应尽可能收集相关证据以支持自己的主张。这包括但不限于通信记录、视频或照片、目击证人证言等。
寻求专业法律帮助：由于此类问题涉及复杂的法律和纪律处分程序，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律建议和指导，并协助处理相关法律事务。
维护个人权益：在处理此类问题时，应确保自己的合法权益得到维护。如果受到不公正对待或侵害，可以依法向有关部门投诉或寻求法律救济。
综上所述，如果与纪委工作人员发生不正当关系且对方不承认，应通过收集证据、寻求专业法律帮助等方式来维护自己的权益。同时，也应认识到此类行为的不道德性和可能的法律后果，避免类似情况再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。