双方因基础合同又签订还款协议的，管辖法院的确定需结合基础合同性质及还款协议的具体约定。以下是详细分析：

一. 基础合同性质决定管辖原则

1. 专属管辖原则：根据《民事诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第二十八条第二款、第三款的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。这包括农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷等。若基础合同属于上述类型，则应按不动产纠纷确定管辖法院。

   • 例如，若基础合同为建设工程施工合同，无论后续是否签订还款协议，管辖法院均应为工程所在地法院。

2. 一般管辖原则：对于不属于专属管辖的合同纠纷，根据《民事诉讼法》第二十四条的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

二. 还款协议的约定需符合法律规定

1. 协议管辖的有效性：根据《民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。若还款协议中约定了管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则该约定有效。

   • 例如，若基础合同为建设工程施工合同，但还款协议中约定由协议签订地法院管辖，且协议签订地并非工程所在地，则该约定因违反专属管辖原则而无效。

2. 协议管辖的无效情形：若还款协议中的管辖约定超出法律规定的范围，或约定的地点与案件事实无实际联系，或违反级别管辖和专属管辖的规定，则该约定无效。

三. 综合分析确定管辖法院

1. 当基础合同为专属管辖合同时：即便双方签订了还款协议，管辖法院的确定仍应遵循专属管辖原则，即由不动产所在地法院管辖。

2. 当基础合同非专属管辖合同时：若还款协议中约定了有效的管辖法院，则按还款协议的约定确定管辖法院；若还款协议中未约定管辖法院或约定无效，则按一般管辖原则确定管辖法院。

我的观点是，在处理此类问题时，应首先明确基础合同的性质，再仔细审查还款协议中的管辖约定，确保管辖法院的确定符合法律规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。