结论前置：合同中仅部分款项约定管辖法院时，需结合合同整体条款、争议内容及法律规定综合判断管辖权，具体分以下情况处理：

1. 若争议仅涉及约定管辖的款项

根据《民事诉讼法》第35条，合同双方可书面协议选择与争议有实际联系地点的法院管辖（如被告住所地、合同履行地、合同签订地等）。若争议标的仅为合同中明确约定管辖法院的款项（如某笔货款、服务费），则该约定有效，应由约定法院管辖。
示例：合同第5条约定“甲方未支付的第三期服务费（金额10万元）由乙方所在地法院管辖”，若双方仅就该10万元产生争议，则乙方所在地法院有管辖权。

2. 若争议涉及未约定管辖的款项或其他条款

若争议标的包含未约定管辖的款项（如违约金、利息）或涉及合同整体效力、解除等非款项问题，则需分情况处理：

• 合同其他条款未约定管辖：根据《民事诉讼法》第24条，默认由被告住所地或合同履行地法院管辖。此时需结合合同履行地（如交付货物地、提供服务地）确定管辖法院。
  
• 合同其他条款约定了管辖：若合同其他部分约定了与争议有实际联系的管辖法院（如“本合同争议由甲方所在地法院管辖”），则需判断争议是否属于“同一法律关系”。若属于同一合同引发的争议，通常以合同整体约定为准；若属于独立法律关系（如担保合同与主合同），则可能分别适用不同管辖。
  示例：合同约定“货款由乙方所在地法院管辖”，但未约定违约金管辖。若甲方拖欠货款并主张违约金过高，因违约金与货款同属合同履行争议，通常仍由乙方所在地法院管辖；但若违约金争议涉及独立担保合同，则可能适用担保合同约定的管辖。

3. 约定管辖条款无效的情形

若约定管辖法院违反级别管辖（如约定基层法院管辖应由中级法院管辖的案件）或专属管辖（如不动产纠纷约定非不动产所在地法院管辖），则该条款无效，需按法定管辖处理。
示例：合同约定“因房屋租赁产生的纠纷由甲方所在地法院管辖”，但根据《民事诉讼法》第34条，房屋租赁纠纷应由不动产所在地法院专属管辖，因此该约定无效。

4. 实务建议

• 审查合同条款：明确约定管辖的款项范围、争议类型及法院名称，避免模糊表述（如“由乙方附近法院管辖”）。
  
• 区分争议标的：若争议涉及多项内容，需拆分判断是否均属于约定管辖范围。
  
• 保留证据：管辖权异议阶段需提交合同原件、争议标的计算依据等证据，证明争议与约定管辖的关联性。
  

提示：管辖权问题直接影响诉讼效率，建议签订合同时明确约定管辖法院，并在争议发生后及时委托律师分析管辖权依据。如有具体合同或争议，可直接向我提供细节，我将进一步分析。